保税物流中心具有保税、物流的内陆口岸的独特功能，运作模式主要为如下几种：第一种：从国外进境——保税区（仓储保税）——进入国内（可以分批完税入境）这种模式需进行两次申报，一般情况下所有产品进境进行动植物检疫和卫生检疫申报，出区进行应检物检验申报。第二种：从国外进境——保税区——出境（复出境）。第三种：从国外进境入区直接入境国内（主要发挥物流和陆运口岸作用）。
   
    第四种：从国内出口——保税区（保税储存）——出境。第五种：从国内出口——保税区——入境（复进口）。第六种：从国内出口入区直接出境（主要发挥物流和陆运口岸作用），视同一般货物出口检验检疫。